Kyrgyzstan là một nước nằm kín trong lục địa tại Trung Á, giáp biên giới với Kazakhstan, Trung Quốc, Tajikistan và Uzbekistan. Vùng núi non Tian Shan bao phủ 80% đất nước (vì thế Kyrgyzstan thỉnh thoảng cũng được gọi là "Thụy Sĩ vùng Trung Á" .), phần diện tích còn lại gồm các thung lũng và châu thổ. Hồ Issyk-Kul ở tây bắc Tian Shan là hồ lớn nhất tại Kyrgyzstan và là hồ trên núi lớn thứ hai trên thế giới sau Titicaca. Những đỉnh cao nhất nằm trên rặng Kakshaal-Too, hình thành nên biên giới với Trung Quốc. Đỉnh Jengish Chokusu, độ cao 7.439 m (24.400 feet), là điểm cao nhất và được các nhà địa chất (dù không phải là các nhà leo núi) coi là đỉnh nằm xa nhất phía bắc thế giới. Mùa đông với những trận tuyết rơi dày mang tới những trận lụt vào mùa xuâ và thường gây thiệt hại lớn phía hạ nguồn. Những dòng nước chảy từ trên cao cũng là tiềm năng lớn cho thủy điện.

Khí hậu khác biệt theo từng vùng. Thung lũng Fergana phía tây nam thuộc kiểu khí hậu cận nhiệt đới và rất nóng vào mùa hè, với nhiệt độ đạt tới 40 °C (104 °F.) Các vùng đồi phía bắc thuộc khí hậu ôn hoà và Tian Shan từ kiểu khí hậu lục địa khô tới khí hậu cực, tùy thuộc độ cao. Tại các vùng lạnh nhất nhiệt độ ở mức dưới không trong khoảng 40 ngày mùa đông, và thậm chí tại một số vùng sa mạc còn có tuyết rơi thường xuyên trong thời kỳ này.

Kyrgyzstan có nguồn khoáng sản kim loại khá lớn gồm vàng và kim loại hiếm. Vì địa hình đất nước này chủ yếu là đồi núi, chưa tới 8% diện tích có thể canh tác, và tập trung tại các vùng đất thấp phía bắc và các rìa Thung lũng Fergana.

Bishkek ở phía bắc là thủ đô và thành phố lớn nhất, với xấp xỉ 900.000 nghìn dân (thời điểm năm 2005). Thành phố đứng thứ hai là thị trấn cổ Osh, nằm tại Thung lũng Fergana gần biên giới với Uzbekistan. Con sông chính là Naryn, chảy về phía tây xuyên qua Thung lũng Fergana vào Uzbekistan, nơi nó hợp lưu với dòng sông chính khác của Kyrgyzstan, sông Kara Darya, hình thành nên Syr Darya cuối cùng chảy vào Biển Aral — dù một lượng lớn nước đã bị khai thác cho tưới tiêu tại các cánh đồng bông của Uzbekistan khiến con sông khô cạn trước khi nó tới được biển này. sông Chu cũng có một đoạn ngắn chảy qua Kyrgyzstan trước khi vào Kazakhstan.

Những vùng đất bị quốc gia khác bao quanh và những vùng đất tách khỏi mẫu quốc

Có một vùng đất tách khỏi mẫu quốc, đó là ngôi làng nhỏ Barak, Kyrgyzstan , (dân số 627 người) tại thung lũng Fergana. Làng này bị lãnh thổ Uzbek bao quanh và nằm giữa các thị trấn Margilan và Fergana.

Có bốn vùng đất Uzbekistan nằm trong lãnh thổ Kyrgyzstan. Hai trong số đó là các thị trấn Sokh (diện tích 325 km²/125 dặm vuông với dân số 42.800 người năm 1993, dù một số ước tính cho rằng con số này có thể lên tới 70.000 người; 99% là người Tajik, số còn lại là người Uzbek), và Shakhrimardan (cũng được gọi là Shakirmardon hay Shah-i-Mardan, diện tích 90 km²/35 dặm vuông và dân số 5.100 năm 1993; 91% là người Uzbek, số còn lại là người Kyrgyz); hai vùng lãnh thổ nhỏ khác là Chuy-Kara (hay Kalacha, dài khoảng 3 km và rộng 1 km hay 2 dặm nhân 0.6 dặm) và Dzhangail (một chấm đất nhỏ chỉ có chiều ngang 2 hay 3 km). Chuy-Kara nằm trên sông Sokh, giữa biên giới Uzbek và khu lãnh thổ tách khỏi mẫu quốc Sokh.

Có hai vùng lãnh thổ của Tajikistan nằm gọn trong Kyrgyzstan: Vorukh (diện tích khoảng 95 và 130 km² [37–50 dặm vuông], dân số được ước lượng trong khoảng 23.000 và 29.000, 95% người Tajik và 5% Kyrgyz, sống tại 17 ngôi làng), nằm cách 45 kilômét (28 dặm) phía nam Isfara trên bờ phải sông Karafshin, và một khu định cư nhỏ gần ga đường sắt Kyrgyz Kairagach.